Le origini di Soncino sono ancora avvolte nel mistero. Presso il Museo Civico Archeologico Aquaria sono presenti testimonianze e reperti che indicano un'intensa frequentazione del territorio, ma senza un'indicazione certa di chi fondò l'abitato soncinese. L'ipotesi più plausibile è una fondazione celtica, come indicherebbe presumibilmente l'etimologia del nome Soncino (“So Kin” re delle acque, poi ripreso dai Romani come Aquaria). Per tutta la sua storia Soncino si è trovato in una zona di confine, difeso da elementi naturali quale il fiume Oglio a est e dalla più grande foresta del cremonese a nord (esistente fino al '700), delimitata dalla fascia dei fontanili che hanno contribuito alla ricchezza d'acqua in tutto il suo territorio.
La scarsità di materiale documentario per i periodi più antichi ci costringe ad affidarci alla tradizione storica, la quale indica nella chiesa principale di Soncino, Santa Maria Assunta, la prima Pieve della diocesi di Cremona, costruita addirittura nel 412. Sede vescovile per alcuni anni nel periodo longobardo, assunse a ruolo di Collegiata diretta da un arciprete di nomina papale.
La prima struttura militare era probabilmente situata sulla parte più alta del piccolo dosso su cui sorge il centro storico soncinese, poi trasformata nel Palazzo comunale con la Torre civica nel XII secolo. Il primo castello risale invece al X secolo; situato nella parte sud-orientale in direzione del fiume Oglio, ora non è più visibile. Il 1118 è una data fondamentale: il comune di Cremona acquista Soncino e il suo territorio dai conti Gisalbertini di Bergamo e istituisce il primo Borgo Franco d'Italia.
Al XIII secolo risalgono la prima cerchia in muratura di Soncino e la grandiosa opera di ingegneria civile del sistema idrico-fognario: il centro storico era fornito di acqua corrente e di scarichi fognari interamente sotterranei. Altri ambienti ipogei attraversano il dosso soncinese, per lo più di carattere militare. Nel 1259 avviene la cattura del famoso Ezzelino III da Romano, poi morto e sepolto proprio a Soncino.
Dopo aver cacciato i cremonesi dal borgo, Soncino viene annessa direttamente all'Impero e diviene Terra Separata nel 1311. E' il periodo di maggiore autonomia sia politica che economica sempre nell'orbita della fazione ghibellina.
Nella prima metà del XV secolo arrivano i Domenicani, e fondano il convento di san Giacomo nel luogo in cui sorgeva già una chiesa di origine romanica con un trecentesco campanile ettagonale, probabilmente unico in Italia. Prima ancora esisteva un ospitale per il ricovero dei pellegrini diretti alla tomba di San Giacomo, da qui il nome della chiesa. Il convento domenicano, fino alla sua soppressione a fine Settecento, diventerà il centro religioso e culturale più importante del borgo anche grazie al priorato di Michelangelo Ghisleri, il futuro san Pio V. Nel chiostro dell'ex convento si trova oggi la Sala di Vita medioevale che ricorda le principali attività dei frati domenicani.
L'intensificarsi dei conflitti del Nord Italia tra Visconti prima e gli Sforza poi, contro la repubblica di Venezia, portano il territorio soncinese da un contendente all'altro e costringono una massiccia fortificazione del borgo. Una nuova cerchia muraria poco dopo la metà del 1400 e soprattutto la Rocca sforzesca costruita tra il 1473 e il 1475, rimangono ancora oggi i simboli di Soncino.
Proprio in questo periodo il duca milanese Francesco Sforza concede a una famiglia ebraica di origine tedesca di aprire un banco di pegni che darà un notevole impulso proprio alla militarizzazione di Soncino. Pochi anni dopo apriranno una delle prime stamperie a caratteri mobili d'Italia. Dalla loro officina i “Soncino” (presero il nome dal luogo che li ospitò) stamperanno una trentina di edizioni ebraiche tra cui l'editio princeps della Bibbia nel 1488. Gershom Soncino,che stamperà in tutta Italia, diventerà il più grande stampatore ebraico di tutti i tempi, rendendo il nome Soncino famoso in tutto il mondo. Il Museo della Stampa, sorto nelle vicinanze della stamperia ebraica, raccoglie le testimonianze della storia di questa famiglia.
Nel 1536 il ducato di Milano passa sotto il controllo di Carlo V di Spagna. Soncino diventa un marchesato sotto la famiglia Stampa che trasformerà la Rocca in una abitazione. Inizia in questo periodo una inesorabile decadenza politica con la perdita dei numerosi privilegi che incide in un lento ma inevitabile regresso economico. Saranno però gli Stampa a contribuire alla decorazione del gioiello artistico di Santa Maria delle Grazie grazie soprattutto alla direzione di Giulio Campi.
La storia di Soncino continua seguendo le vicende del Nord Italia, vivendo principalmente di agricoltura. Nell'Ottocento fiorisce l'allevamento dei bachi da seta con la nascita delle filande per la produzione della seta. Con la ristrutturazione dell'ex filanda Meroni è stato aperto il Museo della Seta che raccoglie testimonianze e attrezzi di questa attività.
